为规范中央财政水利发展资金使用管理，财政部、水利部制定了《中央财政水利发展资金使用管理办法》，自2017年1月1日起施行。
根据办法内容，水利发展资金支出范围包括：农田水利建设，地下水超采区综合治理，中小河流治理及重点县综合整治，小型水库建设及除险加固，水土保持工程建设，淤地坝治理，河湖水系连通项目，水资源节约与保护，山洪灾害防治，水利工程设施维修养护等。
办法明确，水利发展资金不得用于征地移民、城市景观、财政补助单位人员经费和运转经费、交通工具和办公设备购置、楼堂馆所建设等支出。水利发展资金原则上不得用于中央基建投资已安排资金的水利项目。
办法称，水利发展资金鼓励采取先建后补、以奖代补、民办公助等方式，加大对农户、村组集体、农民专业合作组织等新型农业经营主体实施项目的支持力度；鼓励采用政府和社会资本合作（PPP）模式开展项目建设，创新项目投资运营机制；遵循“先建机制、后建工程”原则，坚持建管并重，支持农业水价综合改革和水利工程建管体制机制改革创新。具体办法由地方自行制定。
此外，办法强调，水利发展资金申报、使用管理中存在弄虚作假或挤占、挪用、滞留资金等财政违法行为的，对相关单位及个人，按照《预算法》和《财政违法行为处罚处分条例》进行处罚，情节严重的追究法律责任。